#!/opt/gensoft/exe/amos/3.1.0/bin/runAmos -C
## Convert a CA assembly to AMOS, run validation steps

INPUTS = $(PREFIX).asm $(PREFIX).frg

## toAmos & bank-transact
10: toAmos -f $(PREFIX).frg -a $(PREFIX).asm -o - -S | bank-transact -m - -b $(PREFIX).bnk -c

## asmQC
30: asmQC -b $(PREFIX).bnk -feat -numsd 2

## analyzeSNPs
40: analyzeSNPs -b $(PREFIX).bnk -S -cumqv 40 -minsnps 2 -r -e -H > $(PREFIX).snps

## ClusterSnps
50: clusterSnps $(PREFIX).snps > $(PREFIX).snp.feat

## Load SNP Features
80: loadFeatures $(PREFIX).bnk $(PREFIX).snp.feat

## Find Surrogates
90: listSurrogates $(PREFIX).asm > $(PREFIX).surrogate.feat

## Load Surrogates
100: loadFeatures $(PREFIX).bnk $(PREFIX).surrogate.feat

## Find High Read Coveage
110: analyze-read-depth $(PREFIX).bnk -c 1000 -x 3 > $(PREFIX).depth.feat

## Load Coverage Features
120: loadFeatures $(PREFIX).bnk $(PREFIX).depth.feat

## Combine Features
1000: dumpFeatures $(PREFIX).bnk | sort -k1 -nk3 > $(PREFIX).all.feat
1010: suspiciousfeat2region $(PREFIX).all.feat > $(PREFIX).suspicious.regions

## Create Fasta
1100: bank2fasta -e -b $(PREFIX).bnk > $(PREFIX).fasta
