move.h

Go to the documentation of this file.

#ifndef VIENNA_RNA_PACKAGE_MOVE_H
#define VIENNA_RNA_PACKAGE_MOVE_H


typedef struct vrna_move_s vrna_move_t;

#define VRNA_MOVESET_INSERTION   4

#define VRNA_MOVESET_DELETION    8

#define VRNA_MOVESET_SHIFT       16

#define VRNA_MOVESET_NO_LP       32

#define VRNA_MOVESET_DEFAULT     (VRNA_MOVESET_INSERTION | VRNA_MOVESET_DELETION)


struct vrna_move_s {
  int         pos_5;  
  int         pos_3;  
  vrna_move_t *next;  
};


vrna_move_t
vrna_move_init(int  pos_5,
               int  pos_3);


void
vrna_move_list_free(vrna_move_t *moves);


void
vrna_move_apply(short             *pt,
                const vrna_move_t *m);


void
vrna_move_apply_db(char               *structure,
                   const short        *pt,
                   const vrna_move_t  *m);


int
vrna_move_is_removal(const vrna_move_t *m);


int
vrna_move_is_insertion(const vrna_move_t *m);


int
vrna_move_is_shift(const vrna_move_t *m);


int
vrna_move_compare(const vrna_move_t *a,
                  const vrna_move_t *b,
                  const short       *pt);


#endif