DataAccessor.hpp

Go to the documentation of this file.

#ifndef BIFROST_DATA_ACCESSOR_HPP
#define BIFROST_DATA_ACCESSOR_HPP
 
#include "CompactedDBG.hpp"
#include "ColorSet.hpp"
 
template<typename U> using UnitigColorMap = UnitigMap<DataAccessor<U>, DataStorage<U>>;
template<typename U> using const_UnitigColorMap = const_UnitigMap<DataAccessor<U>, DataStorage<U>>;
 
template<typename Unitig_data_t = void>
class DataAccessor : public CDBG_Data_t<DataAccessor<Unitig_data_t>, DataStorage<Unitig_data_t>> {
 
    typedef Unitig_data_t U;
 
    template<typename U> friend class DataStorage;
 
    public:
 
        DataAccessor(const uint8_t id = 0);
 
        void clear(const UnitigColorMap<U>& um);
 
        const U* getData(const const_UnitigColorMap<U>& um) const;
 
        U* getData(const UnitigColorMap<U>& um) const;
 
        const UnitigColors* getUnitigColors(const const_UnitigColorMap<U>& um) const;
 
        UnitigColors* getUnitigColors(const UnitigColorMap<U>& um) const;
 
        UnitigColors getSubUnitigColors(const const_UnitigColorMap<U>& um) const;
 
        vector<string> getSubUnitigColorNames(const const_UnitigColorMap<U>& um) const;
 
        void concat(const UnitigColorMap<U>& um_dest, const UnitigColorMap<U>& um_src);
 
        void merge(const UnitigColorMap<U>& um_dest, const const_UnitigColorMap<U>& um_src);
 
        void extract(const UnitigColorMap<U>& um_src, const bool last_extraction);
 
        string serialize(const const_UnitigColorMap<U>& um_src) const;
 
    private:
 
        inline uint8_t get() const { return da_id; }
 
        inline void set(const uint8_t id) { da_id = id; }
 
        uint8_t da_id;
};
 
#endif